Trong tương lai, khi thế giới bị chiến tranh tàn phá dữ dội. Ở đó những con "búp bê chiến thuật" hay còn gọi với cái tên là T-Dolls được sử dụng để chiến đấu thay thế con người trên chiến trường bởi phần lớn nhân loại đã chết và thế giới trở nên ô nhiễm khiến việc sống sót ngày càng khó khăn.

Khi chiến tranh kết thúc, trí thông minh nhân tạo của Sangvis Ferri đã tự nổi dậy chống lại loài người, và để chống lại điều đó, một công ty quân sự có tên là Griffin & Kryuger đã được giao nghiệm vụ ngăn chặn và loại bỏ lực lượng của Sangvis Ferri. Một cuộc chiến chống lại kẻ thù và khôi phục lại trật tự cho thế giới này lại một lần nữa nổ ra.

Đó là bể nổi của thế giới, hay những câu truyện truyền miệng về những cô gái xinh đẹp trên chiến trường với những chiến dịch với những lý tưởng của riêng họ nói riêng, và mục đích của các phe phái nói chung. 

Nhưng ẩn sâu trong bóng tối, có một Tổ Chức, một cơ quan được thành lập hoạt động với mục tiêu là Tuyệt Mật "Secure", Lưu Trữ "Contain", Bảo Vệ "Protect". Đó là Tổ Chức SCP.

Được thành lập đâu đó vào đầu những năm của thế kỷ 19. Không hề đứng về bất kỳ phe nào, hoàn toàn trung lập với tất cả các quốc gia trên thế giới. Tổ Chức SCP mang trong mình trọng trách bảo vệ thế giới khỏi các thực thể, các sự kiện siêu nhiên, những vị trí bất ổn mà khoa học không có lời giải thích thỏa đáng nào, đồng thời tìm hiểu và nghiên cứu cách thức mà các SCP này hoạt động để có thể đem lại lợi ích cho nhân loại. Mọi chuyện ban đầu vẫn nằm trong tầm kiểm, nhưng các sự cố liên tiếp diễn ra đã khiến cho Tổ Chức SCP gặp phải một số bất lợi.

Vào năm 2030, sự kiện vụ nổ Berlian bùng nổ và sự lây lan nhanh chóng của phóng xạ Copplase đã khiến cho một số cơ sở trọng yếu của Tổ Chức SCP bị tổn hại nghiêm trọng. Một số nơi nằm trong vùng ảnh hưởng bởi phóng xạ Copplase vẫn có thể miễn cưỡng cầm cự, nhưng cũng có nơi thậm chí phải vận chuyển các SCP khác đến những nơi an toàn hơn để tiếp tục quản thúc do sự ảnh hương của phóng xạ lúc này đã là quá lớn để có thể tiếp tục duy trì cơ sở đó. Thậm trí có cơ sở còn bị cô lập hoàn toàn khỏi thế giới bên ngoài do mức độ phóng xạ cực kỳ đậm đặc và số lượng Elid quá nhiều, khiến cho cơ sở đó phải kích hoạt giao thức phong tỏa toàn điểm và chỉ có thể tiếp cận thông qua hệ thống tàu điện ngầm,

Tưởng rằng mọi thứ sẽ chỉ dừng lại ở mức di dời một số cơ sở của Tổ Chức, thì chiến tranh thế giới thứ ba nổ ra vào ngày 2 tháng 3 năm 2045, và đây là tin không thể tồi tệ hơn với Tổ Chức SCP. Các quốc gia bắt đầu bỏ tiền vào chiến tranh, nguồn ngân sách tài trợ cho Tổ Chức bắt đầu bị sụt giảm nghiêm trọng, gây ảnh hưởng vô cùng lớn đến việc quản thúc các SCP nguy hiểm. Tổ chức đã phải tiến hành cắt bỏ một số thứ trong ngân sách của mình, tiêu diệt một số SCP, và thành lập một số các công ty kinh doanh để có thể tiếp tục duy trì hoạt động của mình.

Trong giai đoạn chiến tranh thế giới thứ ba diễn ra, Tổ Chức trong thời gian này cũng nhận được lời đề nghị muốn sử dụng các thực thể dị thường nhằm phục vụ chiến tranh của một số quốc gia, nhưng điều đó luôn bị từ chối do tính chất nguy hiểm và khó kiểm soát của chúng.

Đến giữa năm 2050, chiến tranh kết thúc. Tưởng rằng mọi thứ sẽ quay trở lại bình thường, thì trí thông minh nhân tạo của Sangvis Ferri đã tự nổi dậy chống lại loài người, khơi mào cho một quộc chiến khác khốc liệt hơn. Tổ Chức SCP đang đứng trên bờ vực bị bại lộ do phạm vi của các chiến dịch giữa phe Sangvis Ferri và các tổ chức quân sự khác như Griffin & Kryuger càng ngày càng lấn sâu vào các khu vực của Tổ Chức SCP mà không hề hay biết.

Hiện tại, Tổ Chức SCP đang phải oằn mình thực hiện nghĩa vụ của họ là giữ bí mật tuyệt đối các SCP khỏi thế giới, vừa phải đảm bảo không có gì vượt ngoài tầm kiểm soát bởi các thế lực đáng lưu tâm, vừa phải đảm bảo không có một SCP nguy hiểm nào trốn thoát gây nguy hiểm cho nhân loại.

Tổ chức cũng đã thử tạo ra một vài thảm họa nhằm lôi kéo thêm quỹ đầu tư. Ban đầu việc này khá suôn sẻ. Nhưng dần dần ý tưởng này đã đi hơi xa, cũng như bị Ủy Ban Đạo Đức can thiệp dẫn đến đình chỉ cách làm này vì tính rủi ro cũng như vô nhân đạo của nó.

Việc Tổ Chức quyết định công bố sự tồn tại của mình cho thế giới chỉ còn là vấn đề thời gian.